Gene enrichment sada pro základní i aplikovaný výzkum rakoviny tlustého střeva a konečníku / Gene enrichment set for basic and applied research on colorectal cancer

  • Funkce: nabohacení gDNA fragmentů před sekvenováním nové generace (pro snížení nákladů)
  • Ve spolupráci se skupinou Dr. Vladimíra Kořínka z Ústavu molekulární genetiky byla v rámci společného grantového projektu vyvinuta sada pro gene enrichment ze vzorků genomové DNA lidských pacientů.
  • Tato sada umožňuje výrazné snížení nákladů na sekvenování nové generace tím, že ze směsi fragmentované gDNA izoluje pouze fragmenty obsahující exony transkriptů čtyřiceti tří kritických genů asociovaných s rozvojem kolorektálního karcinomu. Při následné sekvenaci lze několik vzorků spojit do jedné sekvenovací linie a jednoho běhu přístroje, čímž se náklady několikanásobně sníží. Vlastním sekvenováním lze v těchto genech identifikovat polohu a frekvenci mutací a stav nestabilních expanzivních mikrosatelitních sekvencí (MSI trakty) a korelovat je s diagnózou a prognózou vývoje onemocnění u pacienta.
  • Tento produkt lze využít v základním i aplikovaném výzkumu, protože je dodáván v několika variantách, které umožní začátečníkům i pokročilým uživatelům připravit vzorky pro většinu dnes běžně dostupných sekvenátorů nové generace. Nabízíme také servisní zpracování vzorků.

 

  • Function: enrichment of gDNA fragments prior to next-generation sequencing (to considerably lower overall costs)
  • In cooperation with the research group of Dr. Vladimir Korinek at the Institute of Molecular Genetics in Prague, and as part of our mutual grant project, we developed gene-enrichment set for samples of genomic DNA from human patients.
  • This set enables to significantly lower the costs for next-generation sequencing in that it isolates only gDNA fragments containing exons of 43 critical genes associated with the development of colorectal carcinoma. Multiple samples can be combined into one line/run on the next generation sequencing machine, which lowers the overall cost several times. The sequencing enables to identify position and frequency of point or short-length sequence mutations or the state of the instable microsatellite sequences (MSI tracts) and correlate them to/with diagnosis and prognosis of the disease.
  • This product can be used in both basic and applied research, since it comes in several versions that enable to both beginner and advanced users to prepare samples for most next-gen sequencing machines currently on the market.
  • We also offer comeplete processing of the samples, including the next-gen sequencing step, in form of a service.